Η ανάγκη για ένα σύγχρονο μουσείο, αντάξιο της μακραίωνης βοιωτικής ιστορίας, οδήγησε στη ριζική ανακατασκευή και επέκταση του παλαιού κτιρίου και στην ολοκληρωτική σχεδόν ανανέωση των εκθεμάτων του, τα οποία προέρχονται κυρίως από πρόσφατες ανασκαφές. Το νέο Αρχαιολογικό Μουσείο Θηβών διαθέτει εκθεσιακό χώρο εμβαδού 1.000 τ.μ. και στεγάζει πλήθος αντικειμένων, αντιπροσωπευτικών των χιλιετιών της συνεχούς ανθρώπινης δραστηριότητας στη Βοιωτία. Ο εκθεσιακός χώρος αναπτύσσεται σε δυο διαφορετικά επίπεδα, επιλογή που υπαγορεύτηκε από την ανάγκη διατήρησης του φυσικού ανάγλυφου στο δυτικό πρανές του λόφου της Καδμείας.


Η έκθεση διαρθρώνεται σε δεκαοκτώ συνολικά ενότητες, έντεκα από τις οποίες ακολουθούν χρονολογική σειρά από την Παλαιολιθική περίοδο έως και το τέλος της Οθωμανικής κυριαρχίας (αρ. 3 έως 14) και παρουσιάζεται διαχρονικά ο πολιτισμός, η καθημερινή ζωή, η πολιτική και κοινωνική εξέλιξη στη Βοιωτία. Τους πρώτους νεολιθικούς οικιστικούς πυρήνες (αρ. 3) αντικαθιστούν οι τεχνολογικά αναπτυγμένοι οικισμοί της Εποχής του Χαλκού (αρ. 4), στο τέλος της οποίας ακμάζουν τα μυκηναϊκά ανακτορικά κέντρα της Θήβας και του Ορχομενού (αρ. 5).

Έπεται μια περίοδος εσωστρέφειας και μετασχηματισμού (Πρωτογεωμετρικοί και Γεωμετρικοί χρόνοι, αρ. 6), η οποία οδηγεί στην Αρχαϊκή περίοδο και στην ίδρυση της Βοιωτικής Ομοσπονδίας (αρ.7). Οι Κλασικοί χρόνοι σημαδεύονται από τη θηβαϊκή ηγεμονία (αρ. 8), ενώ οι ατέρμονες πολεμικές συγκρούσεις της Ελληνιστικής περιόδου αποδυναμώνουν την περιοχή (αρ. 9) και σταδιακά τη θέτουν στο περιθώριο (Ρωμαϊκή περίοδος, αρ. 10).

Aκολουθεί η ακμή της Βοιωτίας στους Πρωτοβυζαντινούς (αρ. 11) και Βυζαντινούς χρόνους (αρ. 12), όταν η Θήβα ορίζεται πρωτεύουσα του "Θέματος της Ελλάδος". Η Ύστερη Βυζαντινή περίοδος βρίσκει την περιοχή υπό την κυριαρχία Δυτικών ηγεμόνων, ως τμήμα του Δουκάτου των Αθηνών με έδρα τη Θήβα (αρ. 13). Το ταξίδι στο παρελθόν ολοκληρώνεται με αναφορά στην περίοδο της οθωμανικής κυριαρχίας στη Βοιωτία και μέχρι την ίδρυση του νέου Ελληνικού κράτους (1830) (αρ. 14).

Σε εξειδικευμένες ενότητες παρουσιάζεται η ιστορία του Αρχαιολογικού Μουσείου Θηβών και των πρώτων αρχαιολογικών ερευνών στην περιοχή (προθάλαμος-υποδοχή, αρ. 1), οι μύθοι που σχετίζονται με τη Βοιωτία (αρ. 2) και η πνευματική ακτινοβολία της Βοιωτίας από την αρχαιότητα έως και τη σύγχρονη εποχή, με ιδιαίτερη αναφορά στις τραγωδίες του θηβαϊκού μυθολογικού κύκλου (εξώστης, αρ.15).

Ο εξώστης λειτουργεί και ως σύντομη διαδρομή για τον επισκέπτη που διαθέτει περιορισμένο χρόνο, ενώ επιπλέον οδηγεί στον στεγασμένο αρχαιολογικό χώρο στα θεμέλια του μουσείου (αρ. 16). Εκεί διατηρείται τμήμα οικίας της 3ης χιλιετίας, τάφοι του 17ου αι. π.Χ. και η θεμελίωση του μυκηναϊκού τείχους της Καδμείας (13ος αι. π.Χ.).Τμήμα των μνημείων είναι ορατό και από την έκθεση, στην αίθουσα της αρχαϊκής περιόδου (αρ. 7).

Στον εξώστη φιλοξενείται η απτική και εκπαιδευτική συλλογή, με επιλεγμένες αρχαιότητες (αρ. 15). Εκπαιδευτικά προγράμματα για σχολικές ομάδες υλοποιούνται στο χώρο εκπαιδευτικών προγραμμάτων (αρ. 16).

Η επίσκεψη συμπληρώνεται με περιήγηση στον αύλειο χώρο όπου εκτίθενται λίθινα μνημεία (αρ. 17) και ολοκληρώνεται με την επίσκεψη στον μεσαιωνικό πύργο (αρ. 18).

Η έκθεση έχει σχεδιαστεί ώστε να είναι προσβάσιμη από επισκέπτες με κινητικές δυσκολίες ή προβλήματα όρασης και να καλύπτει τις επιθυμίες ενός πολυδιάστατου κοινού με διαφορετικές απαιτήσεις. Ο επισκέπτης έχει τη δυνατότητα να περιηγηθεί διαχρονικά στη μακραίωνη ιστορία της Βοιωτίας μέσα από χαρακτηριστικά ευρήματα, ψηφιακές εφαρμογές, εποπτικό υλικό, αναπαραστάσεις αλλά και τα ίδια τα μνημεία, όπως ο πύργος και τα αρχιτεκτονήματα στα θεμέλια του κτιρίου.